Otok Ugljan, kao i svi veći jadranski otoci, nastanjen je neprekidno još od paleolitika, starijeg kamenog doba. Iz tog razdoblja pronađeno je osam kamenih noževa i jedna sjekira, koje je arheolog Frane Bulić razdijelio Arheološkim muzejima u Hrvatskoj.

Iz vremena Rimskog carstva pronađen je pod od cigle "svilla rustica", ne uporabljeni kameni mozaik i kamena žara (urna). Carlo Federico Bianchi, u "Zara Cristiana", piše da je u Kukljici bilo više solana, koje postoje iz vremena Starog Rima.

Prvi poznati pisani spomen imena Kukljica je u listini iz 1106. godine koju je objavio Tadija Smičiklas u "Codex diplomaticus", a u kojoj se spominje darovanje maslinika samostanu Sv. Krševana u Zadru. Značajnije građevine, nažalost oštećene, su kaštel (ljetnikovac) obitelji Nassi iz 1623. godine, te ostaci nepoznate građevine u Ortulanovom dvoru.

Gradnja kamenih kuća, tipične autohtone dalmatinske gradnje, ističe se najviše u Kukljici. Kuće su građene nadovezujući se jedna na drugu tvoreći mali trg gotovo pravilnog kvadrata. Taj trg i skup kuća zove se dvor. Najbolje sačuvani dvori su: Bačin dvor, Benin dvor, Jojin dvor, Lisičin dvor, Lonin dvor i Martinov dvor.

Starohrvatska crkva Sv. Jerolima, u današnjem romaničkom obliku nastala u 13. stoljeću, nalazi se na jugoistočnom dijelu uvale Kostanj. Župna barokna crkva Sv. Pavla sagrađena je na temeljima starije crkve. Vrijedni glagoljski natpisi svjedoče o početku gradnje 1666. natpis na portalu, a o posvećenju 1674. natpis u crkvi. Zvonik iz 18. stoljeća visok je 25 metara. U crkvi je pet velikih oltara. Zavjetna barokna crkva Sv. Gospe Snježne iz 17. stoljeća u uvali Zdrelašćica slična je crkvi Sv. Pavla, građenoj u isto vrijeme.

Izgrađena je na temeljima starijeg svetišta. Crkva je kao kulturno dobro upisana u Registar nepokretnih spomenika kulture Regionalnog zavoda za zaštitu spomenika kulture u Splitu. Renesansna, drvena, oltarna pala prenesena je u Muzej sakralne umjetnosti u Zadru, a na oltar je postavljena kopija. Blagdan Sv. Gospe Snježne slavi se svakog 5. kolovoza neprekidno od 1514. godine s velebnom procesijom morem, kipom Majke Božje na brodu i regatom nekoliko stotina raznovrsnih brodova.